9  Snakemake与可复现分析工作流

将已经理解的手工分析转化为可追溯、可重跑、可扩展的项目。

9.1 从命令脚本到依赖图

理解工作流为什么以文件依赖组织计算。

待完善

9.2 第一个可运行的Snakefile

掌握构成最小流程的核心语法。

待完善

9.3 样本表、配置与多样本扩展

让流程通过配置适配数据，而非复制粘贴命令。

待完善

9.4 环境与参考资源的版本管理

使他人能在可追溯的条件下重跑分析。

待完善

9.5 资源、日志、失败恢复与增量运行

能诊断失败并有效管理计算资源。

待完善

9.6 流程验证与自动报告

验证流程不仅能执行，而且输出符合分析要求。

待完善

9.7 完整项目与跨任务迁移

形成编写和改造流程的能力。

待完善