附录 H — 环境、数据与复现实验说明

本书的网页可以独立构建，正文中的生物信息分析任务仍需要各自的软件、参考资源和数据。完成网页构建不代表这些分析任务已经运行验收。

H.1 三条核心实战

项目	需要固定的输入	应交付的输出	当前状态
bulk RNA-seq	样本表、FASTQ、参考基因组、基因注释、环境版本	质控、counts、差异表达、富集、图形和报告	已迁移原稿；统一可运行案例待完善
ChIP-seq / ATAC-seq	样本与对照、重复、参考资源	质控、peak、区域计数、差异分析和解释	ChIP 原稿已迁移；ATAC 专属案例待完善
WGS / WES	样本、FASTQ、参考、已知位点和验证依据	质控、VCF、过滤、注释和复核报告	已迁移原理与命令；统一资源和验收待完善

H.2 每个案例的复现清单

数据编号与下载日期、文件校验和、样本对应关系、软件版本、环境文件、完整命令、预期结果和运行资源均应一起保存。对应的可执行清单待完善。

H.3 网页的本地构建

工程根目录的 README.md 提供安装与写作说明。安装 Quarto 1.8.27 和 Python 3.10 或更高版本后，运行 python3 scripts/build.py 可生成 docs/；运行 python3 scripts/preview.py 可在浏览器预览并随 Markdown 修改刷新。